Thông nhựa (Pinus latteri) có quan hệ họ hàng gần với thông Sumatra (Pinus merkusii), loài sinh sống xa hơn về phía nam ở Đông Nam Á, trên đảo Sumatra và tại Philippines. Một số nhà thực vật học coi cả hai là đồng loài (dưới tên gọi khoa học P. merkusii, là tên gọi được mô tả sớm hơn), nhưng thông Sumatra khác ở chỗ có lá ngắn hơn (15–20 cm) và mảnh hơn (dày dưới 1 mm), quả nón nhỏ hơn với các vảy mỏng hơn, các nón mở ra ngay sau khi thuần thục và hạt có khối lượng chỉ cỡ một nửa khối lượng hạt thông nhựa. Loài này cũng có họ hàng với nhóm các loài thông tại khu vực Địa Trung Hải, bao gồm thông Aleppo và thông Thổ Nhĩ Kỳ, và chia sẻ nhiều đặc trưng với chúng.